Das IZeLL ist schwerpunktmäßig innerhalb der Philosophischen Fakultät verankert, kooperiert aber mit Kolleg:innen quer über die Fakultäten und mit anderen IZ, wie z.B. dem Interdisziplinären Zentrum Ästhetische Bildung (IZAEB), dem Interdisziplinären Zentrum für Digitale Geistes- und Sozialwissenschaften (IZ digital) oder dem Center for Human Rights Erlangen-Nürnberg (CHREN). Darüber hinaus kooperiert das IZeLL mit dem Zentrum für Lehrkräftebildung (ZfL), dem Kompetenzzentrum für Schulentwicklung und Evaluation (KSE), dem Institut für Lern-Innovation (ILI) sowie dem Fortbildungszentrum Hochschullehre (FBZHL) der FAU.

Nationale und internationale Kooperationen der Mitglieder des IZeLL werden unter anderem mit Universitäten in Australien, Dänemark, Finnland, Großbritannien, Luxemburg, Niederlande, Norwegen, Österreich, Slowenien, Tschechien, der Schweiz, den USA etc. gepflegt. Hierfür bieten Forschungskooperationen und von Mitgliedern des IZeLL ausgerichtete internationale Workshops und Tagungen den geeigneten Rahmen. Darüber hinaus sind zahlreiche außeruniversitäre Kooperationspartner, wie Bildungseinrichtungen, Stiftungen etc. eingebunden.